申請に対する認可後，届出により設定されるのは，「50kmまでの特急料金」と「西九州新幹線“かもめ”と在来線リレー特急列車“リレーかもめ”を乗り継いで利用する場合の特急料金」で，発表された金額については，申請した運賃・特急料金が認可を得られた場合に設定を予定している運賃・特急料金となる．
　西九州新幹線に乗車した場合の諫早—長崎間の普通運賃は，長崎本線として並行する在来線が存在するため，長崎本線の営業キロ（24.9km）と同一とし，480円とする旨の認可申請を行なった．そのほかの区間については，建設キロを営業キロとするため，認可申請はしていない．
　自由席特急料金は，申請での上限額を全区間一律1760円としているが，認可後，届出により設定が予定されている料金は，近距離利用の促進を図るため，九州新幹線（鹿児島ルート）と同額の低廉な料金（870円〜1760円）とする．指定席利用の場合は，自由席特急料金に，通常期530円，繁忙期730円をそれぞれ加算する．ただし，自由席特急料金が870円の区間における指定席特急料金は，通常期1790円，繁忙期1990円となる．

▲博多—長崎間の特急料金

　西九州新幹線“かもめ”と在来線のリレー特急列車（“リレーかもめ”／門司港—博多—武雄温泉間）を，武雄温泉駅で改札を出ずに乗り継ぐ場合の特急料金は，新幹線と在来線の特急料金をそれぞれ1割引して合算した特急料金とする．これは，現在1本の特急列車（在来線“かもめ”）での乗車区間が，新幹線開業後は武雄温泉での乗継利用となり，単純に新幹線と在来線の特急料金を合算しただけでは割高となるためとしている．
　これにより博多—長崎間の自由席利用時の料金は，現行の5060円（運賃2860円＋自由席特急料金2200円）から，新幹線開業後は5520円（運賃2860円＋自由席特急料金2660円）となり，差額は460円となる．
　このほか，西九州新幹線に関連した割引きっぷについては、改めて発表される．

一部画像はJR九州ニュースリリースから