在来線駅部の工事については，現在，11番線ホーム新設工事が進められている．これは，駅の南側に新幹線高架橋を構築する空間を生み出すために廃止する1番線の代替となるもので，今後，11番ホームの下に改札内コンコースの増設工事を実施するため，2021（令和3）年10月から，北側連絡通路が利用できなくなる．このため東西の往来は，当面の間，南側連絡通路と北口駅前広場の，う回路を利用することとなる．
　2022（令和4）年10月ごろには，11番線の使用を開始するとともに，1番線を廃止し，着発線ホームが変更となる．なお，1番線の跡地に新幹線高架橋を構築する工事に着手するため，2番線ホームについては，ホーム・階段の幅員の縮小や，エスカレータの改修などが計画されているほか，南側連絡通路も閉鎖する計画としている．
　同じく2022（令和4）年10月からは，パセオの休館が予定されている．これは，新幹線高架橋工事やそれにともなう在来線高架橋の耐震補強工事により，パセオの主要設備（空調・電気・冷暖房・防災など）の撤去が必要となるためで，商業施設として営業を継続することが困難であることから判断された．休業期間は3年から6年程度を予定しているが，部分的な営業を含め，商業施設としてなるべく早期の営業再開を検討する．なおパセオ休館後は，高架下の通路・昇降設備などの閉鎖・縮小が発生する．

　また，JR北海道では，事業主体である鉄道・運輸機構から委託を受けて，西5丁目エリアから東1丁目エリアの延長約800mの新幹線駅舎と新幹線高架橋工事を実施するとしており，新幹線駅舎ができる西1丁目エリアを皮切りに，2022（令和4）年夏から段階的に高架橋工事に着手する予定．
　あわせて在来線の南側に新しく高架橋を構築することから，西5丁目エリア，西1丁目エリア，東1丁目エリアにおいて，在来線高架橋南側の道路に影響が出るほか，サツエキBridgeなど高架下施設も一部を除き支障が発生する見込みとなっている．

一部の画像はJR北海道のニュースリリースから