「36ぷらす3」では，各ルートでテーマとなる「色」を決め，その色にちなんだ地域のエピソードを紹介する．また食事付きプランでのディナーやランチには，九州各地でその地域の食材をメインに調理を行なう店舗などが参画し，食事を提供する．
　木曜日は「赤の路」をテーマに，博多9：52（休日9：58）発→鹿児島中央16：24着で運転し，玉名・熊本・牛ノ浜に停車する．このうち玉名・牛ノ浜の各駅では特産品販売など，地元のおもてなしを実施する．なお，途中の八代—川内間は，肥薩おれんじ鉄道線を経由する．
　金曜日は「黒の路」をテーマに，鹿児島中央12：16発→宮崎15：57着で運転し，途中の大隅大川・青井岳に停車する．このうち大隅大川では，曽於市の「たか森カフェ」協力のもと，カフェや特産品販売など，地元のおもてなしを予定している．
　土曜日は「緑の路」をテーマに，宮崎空港11：25発→宮崎11：43発→大分16：23着→別府16：46着で運転し，途中の延岡・宗太郎・重岡に停車する．このうち延岡・重岡の各駅では特産品販売など，地元のおもてなしを実施する．
　日曜日は「青の路」をテーマに，大分11：30発→別府11：43発→小倉15：01着→博多16：32着で運転し，途中の杵築・中津・門司港に停車する．杵築・中津の各駅では特産品販売など，地元のおもてなしを実施するほか，門司港駅では自由散策の時間が設定される．
　月曜日は「金の路」をテーマに，往路は海外とつながる重要なルートとなった西九州へ・長崎まで旅とする．博多10：51（休日11：05）発→長崎15：36着で，途中の佐賀・肥前浜に停車する．このうち肥前浜では，日本酒バーや特産品販売，宿場町散策など地元のおもてなしを実施する．また復路は，長崎17：30発→博多21：03着で，途中の佐賀に停車する．全ルート内唯一のディナータイム運行とし，ディナープランの乗客には，九州のお酒にあう食事が提供される．

　「36ぷらす3」では，旅行プランとして食事付きの「ランチプラン」・「ディナープラン」と，JR券（乗車券・特急券・グリーン料金券）のみで利用できる「グリーン席プラン（きっぷ）」の2種類の商品を設定する．
　「ランチプラン」・「ディナープラン」は，JR券と沿線のこだわりの食事がセットになったもので，1〜3号車の個室を利用するプランと5・6号車の座席を利用するプランの2パターンを設定する．発売は2020（令和2）年8月ごろを予定し，「36ぷらす3」専用WEBサイトや「36ぷらす3」専用ツアーデスク，JR九州の駅旅行窓口，全国の主要旅行会社で申込む．
　料金は，ランチプラン（個室）の博多→鹿児島中央間が大人25500円（子ども20500円），鹿児島中央→宮崎間が大人17000円（子ども13500円），宮崎空港・宮崎→別府・大分間が大人21000円（子ども16500円），大分・別府→小倉・博多間が大人19500円（子ども15500円），博多—長崎間が大人片道18500円（子ども片道15000円）となる．なおランチプラン（座席）は，各料金から5000円引いた値段となる．
　1号車個室（定員4名）は3〜4名，2号車個室（定員6名）は4〜6名，3号車個室は2名での利用となり，3号車に限り所定の追加料金を支払うことにより1名での利用も可能．食事はコースごとに異なり，和食または洋食を予定している．また木曜日に限り，個室の食事には人数限定で「鮨プラン」も設定される．
　「グリーン席プラン（きっぷ）」は，食事が持参することや，ビュッフェや途中の駅で購入した食べ物，飲み物で楽しむことも可能となる．発売は乗車日1ヵ月前の朝10時から開始し，「36ぷらす3」専用WEBサイトや，JR九州インターネット列車予約，また一部区間を除き，全国のみどりの窓口，指定席券売機，JR券を取扱う旅行会社でも購入が可能．
　グリーン料金は新たに設定され，150kmまでが3300円，200kmまでが4300円，201km以上が5300円となる．おもな区間の料金は，博多→鹿児島中央間が大人16860円（子ども12730円），鹿児島中央→宮崎間が大人7080円（子ども5180円），宮崎空港→大分間が大人11020円（子ども8160円），大分・別府→博多間が大人9450円（子ども6870円），博多—長崎間が大人片道8570円（子ども片道6430円）となる．
　このほか，九州をより深く感じてもらうため，各ルートにおいて1〜2回程度，4号車マルチカーで体験メニュー（有料）と車内イベント（無料）を実施する．

画像はすべてJR九州提供