東北・北海道新幹線では，青函トンネル内の最高速度を140km/hから160km/hに向上し，“はやぶさ”・“はやて”の所要時間を4分短縮する．これにより，東京—新函館北斗間は最速3時間58分となる．また，E5系の投入により，東京—盛岡間で運転している“はやて”を，最高速度275kmから320km（宇都宮—盛岡間）に引き上げ，“はやぶさ”として運転する．盛岡発着の新幹線で提供しているレールゴー・サービスは，車両編成変更にともなう車内設備の変更により，サービスの提供ができなくなるため，取扱いを終了する．

▲写真：JR東日本E7系　　編集部撮影　　新幹線総合車両センターにて　　2013-11-28（取材協力：JR東日本）

　上越新幹線では，一部の“とき”・“たにがわ”でE7系による運転を開始する．E7系で運転する列車では，グランクラスを導入する．ただし，アテンダントによる軽食・ドリンクなどのサービスは行なわず利用しやすい料金設定とする．
　また，新潟では“とき”と“いなほ”のすべての定期列車が同じホームで乗換えが可能となる．また，“とき”の一部列車において停車駅を見直しすることで，東京—新潟・酒田間の所要時間を短縮し，利便性を向上する．

　北陸新幹線では，“はくたか”571号の自由席を拡大し，着席サービスの向上を図る．

▲JR東日本E235系　　編集部撮影　　東京総合車両センターにて　　2015-3-28（取材協力：JR東日本）

　山手線では，品川の車両留置線廃止にともない，内回りの品川行き最終列車について，大崎—品川間の運転を取り止め，大崎行きに変更される．

　横須賀線では，平日の朝通勤時間帯に大船発君津行きを1本増発（大船—東京間のみ）する．これにあわせて，大船7:09 発成田空港行きの“成田エクスプレス”9号は新宿始発に変更される．

　総武快速線では，夕通勤時間帯の混雑緩和を図るため，東京発千葉行きを3本増発し，津田沼行き2本を千葉まで延長する．快速列車増発にともない，新宿・東京—千葉間で運転されている“ホームライナー”運転を取り止める．

　南武線では，平日17時～19時台に川崎発稲城長沼行きの快速列車が4本，平日18時～19時台に登戸発川崎行きの快速列車が4本設定される．普通列車と接続することにより，川崎—立川間では，これまでよりも最大10分の短縮（乗換え時間を含む）となる．

▲写真：JR東日本E353系　　編集部撮影　　豊田車両センターにて　　2015-8-23（取材協力：JR東日本）

　中央本線では，特急“あずさ”・“かいじ”の定期列車について，使用車両をE353系に統一する．また，主要駅間の所要時間を現行より短縮し，首都圏～甲府・信州エリアのアクセスが向上する．使用車両が統一されることから“スーパーあずさ”の愛称名は廃止される．
　富士急行線に直通する特急列車として，“富士回遊”を1日2往復運転する．E353系3両編成を使用し，新宿—大月間では“かいじ”と併結して運転される．
　通勤時間帯に運転されていた“中央ライナー”・“青梅ライナー”については運転を取りやめ，E353系による特急“はちおうじ”（下り6本・上り2本）・“おうめ”（上下各1本）が運転される．
　今回のダイヤ改正以降，“あずさ”・“かいじ”・“富士回遊”・“はちおうじ”・“おうめ”では，新たな着席サービスを導入される．普通車の全席で事前に座席指定が可能となるほか，座席未指定券を購入すると，座席の指定を受けずに車内の空席を利用することが可能となる．
　“青梅ライナー”の運転取りやめにともない，平日夕・夜間に青梅線・五日市線・八高線に直通する通勤快速が新設されるほか，一部列車の運転区間の見直し，特急列車との接続の改善などが実施される．

　篠ノ井線では，朝通勤時間帯に運転していた“おはようライナー”の運転をとりやめ，211系6両編成による快速列車を塩尻→長野間で運転する．E257系9両編成で運転した快速列車1往復については，211系に使用車両を変更し，松本—長野間の快速列車はE127系と211系による運転となる．

　常磐線では，広野—木戸間で新駅「Jヴィレッジ」が開業する．「Jヴィレッジ」やその周辺でのイベントなどが開催される日に営業する臨時駅で，「Jヴィレッジ」のグランドオープンに合わせて4月ごろに開業する予定．

　水戸線では，小山—友部間を走る車両について，現在，E531系（5両編成）とE501系（5両編成）の2車種で運転しているが，改正後はすべての車種をE531系（5両編成）に統一する．

　大糸線では，臨時駅の「ヤナバスキー場前」について，スキー場の営業が休止となっていることから，今回のダイヤ改正にあわせて廃止される．