JR九州では，2001（平成23）年度から進められてきた熊本駅付近の在来線の連続立体交差化事業が進ちょくし，2018（平成30）年3月17日（土）のダイヤ改正にあわせて，全ホームが高架化されました．
　改正前は，地上となっていた鹿児島本線の下り線と豊肥本線区間が高架化され，1〜3番のりばが移設されました．あわせて，踏切3ヵ所が廃止されました．高架化を記念して，熊本駅では熊本県の営業部長「くまモン」らが出席して，豊肥本線の肥後大津行きの始発列車の出発式や完成記念の式典が行なわれました．
　建築家の安藤忠雄氏が駅舎部分をデザインし，ホームの屋根などには熊本県産の木材がふんだんに使われています．また，高架下には「肥後よかモン市場」が新たに開業し，大ぜいの人たちでにぎわっていました．