運転は，設備の動作確認を行なう試運転と，運転士等の技能習熟を目的とした訓練運転の2段階に分けて行なわれる．
　試運転は，2026（令和8）年7月6日（月）・7日（火）・31日（金）と8月6日（木）・7日（金）の計5日間に実施される．時間帯は9時から11時30分で，1日1往復運行する．復旧工事が完了した橋りょう，線路，踏切などの検査を行なうため，点検箇所に応じて速度を調整しながら走行する．
　訓練運転は，2026（令和8）年8月1日（土）から9月6日（日）まで毎日実施され，各日2〜3往復程度運行する．運行時間帯はダイヤによって異なり，平日ダイヤの日は10時20分から15時20分まで，土休日ダイヤの日は14時10分から17時までとなる．
　試運転・訓練運転ともに，工事の進ちょくや天候，列車の運行状況により，時間帯の変更や運転の中止が発生する場合がある．

▲踏切位置図

　最初の試運転が開始される7月6日（月）からは，同区間内にある御溝，鬼木，泉田，天神第一，鬼木第二，鬼木第三，願成寺，十島，陣の内，川村，肥後西村の計11ヵ所の踏切が使用再開となる．通常ダイヤとは異なる時間に列車が走行することから，くま川鉄道では踏切通行時の一時停止による安全確認の徹底を呼びかけている．
　あわせて，同社は安全確保のため，線路内への立入りを絶対にしないことや列車が通過する駅のホームへの立入りには十分注意することを求めている．とくに，現在営業を行なっていない人吉温泉・相良藩願成寺・相良十島（旧川村駅を移転）の3駅のホームについては，立入りを遠慮するよう告知している．

一部画像はくま川鉄道ニュースリリースから