JR北海道では，2021（令和3）年3月13日（土）にダイヤ改正が行なわれ，H100形が旭川地区および苫小牧地区で営業運転を開始しました．室蘭本線東室蘭—長万部間のすべてと，室蘭本線苫小牧—室蘭間，宗谷本線旭川—名寄間の大半の普通列車がH100形に置き換えられました．また，石北本線旭川—上川間の普通列車のうち，朝方の上川発旭川行き2本（うち1本は休日運休）もH100形に置き換えられました．
　両地区ではまだ日高本線や石北本線などで運用されるキハ40形の姿を見ることができますが，H100形が増備されると見られなくなるものと思われます．