クルーズトレイン「ななつ星in九州」は，2020（令和2）年3月から新型コロナウイルス感染症対策で長期運休しており，当初は7月14日（火）出発分から運転再開としていたが，7月3日（金）以降に発生した「令和2年7月豪雨」による線路支障などにより，再開日を延期していた．これにともない3泊4日，1泊2日コースともに，2日目以降の行程や一部ルートについて，現在不通となっている肥薩線，久大本線を通らないルートに変更して運転を再開する．
　3泊4日コースは，2日目午後以降，所定では久大本線を経由するが，別府—由布院間を専用バスでの移動に変更する．また，3日目は所定では鹿児島中央まで運転し，その後肥薩線を経由するルートとしているが，これを南宮崎で折り返し，4日目に日豊本線を再び北上，小倉・門司港経由で博多に戻るルートに変更する．
　1泊2日コースは，2日目午前の鳥栖以降のルートついて，所定では久大本線を経由し，由布院で折り返すルートとしているが，熊本から豊肥本線を経由した後，宮地で折り返し博多に戻るルートに変更する．なお，上記コースは，鹿児島本線長洲—植木間が，8月8日（土）・9日（日）に実施される訓練運転までに復旧することを前提としている．
　今後は，2021（令和3）年3月末までを上記の代替ルートによる運転とする．詳しい運転時刻や立寄り駅での観光プラン，食事施設については現在調整中とし，決まり次第発表される．