JR九州では，2020（令和2）年3月28日（土）から，長崎駅が高架化され，新しい駅舎に変わりました．
　新しいホームは西へ150メートル移転し，2面5線のホームが設置されました．駅舎は，前面ガラス張りの造りに，屋根には自然光を通しやすい素材が用いられ，一段高くなったホームの終端からは長崎港が眺められるよう，吹き抜けの構造となっています．また浦上駅も，この日から新しい駅舎になり，長崎県などが進めてきた連続立体交差事業の一環として，長崎本線の長崎—浦上間の約2.5キロが高架となり，4ヵ所の踏切が廃止されました．