今回の高架化で，長崎駅と浦上駅はすべてのホームが高架ホームとなり，同区間の4ヵ所の踏切が廃止される．駅構造は，2駅とも鉄筋コンクリート造りの高架下駅で，バリアフリー設備として，多目的トイレや，各ホームにエスカレータ・エレベータを設置する．ホームは，長崎駅が2面5線，浦上駅が1面2線となる．

　また，長崎駅については，今回の高架化や九州新幹線西九州ルートの建設など都市基盤整備の進行にあわせて，「新駅ビル」の建設も進める．
　開発ビジョンは「〜新幹線開業を契機につくる国際観光都市長崎の陸の玄関口〜」で，既存のアミュプラザ，ホテルは基本的に存置し，新駅ビルを建設する．新駅ビルは，商業，ホテル，オフィス，駐車場などの複合開発とし，敷地面積約18000㎡（既存アミュプラザ部分を含めると約35000㎡），地上13階建て（高さ60m）を予定している．

　地上7階から13階に入るホテル（客室数：約200室）については，マリオット・インターナショナルとの提携に向けて協議しており，従来のJR九州のホテルブランドからさらなる上位グレードとなるホテル運営を行なう．あわせて，新たに生み出される在来線と新幹線の高架下についても，商業関連施設（土産物販，飲食など）を前提とした開発を行なう．
　開発スケジュールは，上記長崎本線の高架化切り替え後に地上の鉄道施設の撤去などを行ない，2021（令和3）年春を目途に新駅ビルの工事に着工する予定．新駅ビルのうち，商業施設と駐車場の一部とオフィス全体については，おおむね2年間の工期を見込み，2023（令和5）年春の開業を予定している．また，ホテルを含めたグランドオープンは2025（令和7）年度を予定している．

写真はすべてJR九州のニュースリリースから