特急“ゆふいんの森”は，鹿児島本線・久大本線経由で博多—由布院間を1日2往復，博多—別府感を1日1往復運転する．また車両検査時には，同時刻で特急“ゆふ”が運転される．

写真：JR九州キハ185系「A列車で行こう」　　松本洋一撮影　　南福岡車両区竹下派出にて　　2011-10-5（取材協力：JR九州）

　三角線の特急“A列車で行こう”は，熊本—三角間を1日3往復し，2019（平成31）年3月から2020年2月までの間，土日祝日を中心に計194日運転（うち平日を中心とする51日は1日2往復）．三角港から出港するシークルーズ「天草宝島ライン」にも引き続き接続する．

写真：JR九州キハ183系1000番台　　松本洋一撮影　　博多にて　　2011-5-29（取材協力：JR九州）

　特急“あそぼーい！”については，別府—大分—阿蘇間で運転し，2019（平成31）年3月から2020年2月までの間，土日祝日を中心に1日1往復，計205日運転する．また運休日には，同時刻で特急“九州横断特急”が運転される．

写真：JR九州 キハ47形「かわせみ やませみ」　　編集部撮影　　小倉総合車両センターにて　　2017-2-27　　編集部撮影（取材協力：JR九州）

　鹿児島本線・肥薩線系統では，特急“かわせみ やませみ”が，熊本—人吉間を3往復毎日運転．“SL人吉”については，3月から11月までの間，熊本—人吉間を1日1往復，土日祝日を中心に計134日運転する．また，特急“いさぶろう・しんぺい”については，1・4号が熊本—人吉間を1日1往復，2号が人吉—吉松間を1日1往復運転する（人吉—吉松間は，普通列車）．原則毎日運転だが，線路工事にともない運休となる日がある．
　肥薩線・日豊本線の特急“はやとの風”は，吉松—鹿児島中央間を1日2往復運転し，2019（平成31）年3月から2020年2月までの間，計179日運転する．なお，9月28日（土）から11月4日（月休）までの運転日については，2号車を「指宿のたまて箱」車両に変更して運転する．
　このほか，指宿枕崎線の特急“指宿のたまて箱”は，鹿児島中央—指宿間を1日3往復（毎日運転），日豊本線・日南線の特急“海幸山幸”は，宮崎—南郷間を1日1往復，土日祝日を中心に計177日運転する．