1995（平成7）年に量産先行車として製造され，18年間にわたり走り続けてきた秋田車両センター所属のE3系R1編成が，代替となるE6系の増備により2013（平成25）年7月20日（土）限りで定期運用から離脱しました．
　最終日は“こまち”36号・“やまびこ”215号（写真）に充当され，“こまち”36号の盛岡—東京間と“やまびこ”215号は新幹線総合車両センター所属のE5系U25編成と併結して走行しました．また“こまち”36号秋田駅出発時には出発式も行なわれ，多くのファンに見送られてのラストランとなりました．