「ななつ星in九州」は，新型コロナウイルスの感染症拡大防止のため，2020（令和2）年3月から運転を休止し，その後7月14日（火）出発分から運転を再開する予定としていたが，7月に発生した「令和2年7月豪雨」による線路災害の影響を受けて変更する．これにより，7月14日（火）・21日（火）・28日（火）出発の3泊4日コースと7月18日（土）・25日（土），8月1日（土）出発の1泊2日コースが運休となる．また，8月11日（火）から14日（金）は，お盆期間のため当初から運休期間としている．
　新たな運転再開日は8月15日（土）発の1泊2日コースからとし，3泊4日コースについては8月18日（火）出発分から再開を予定している．なお，8月4日（火）からの3泊4日，8月8日（土）からの1泊2日は，通常運転再開のための準備として訓練運行を実施する予定．あわせて今後の気象や災害などの状況によって，再開時期を変更する場合があるとしている．