相模鉄道では，2019年度下期に開業を予定している相鉄・JR直通線（西谷—羽沢横浜国大間／2.1km）について，国土交通省に対し運賃認可を申請したと発表した．
新線建設などにかかった設備投資費用の一部について，利用者の負担とするため西谷—羽沢横浜国大間には加算運賃を設定し，相鉄・JR直通線または同区間と他の区間とにまたがって乗車する場合，同社が適用している基本運賃に普通運賃で30円，1ヵ月通勤定期で1140円，1ヵ月通学定期で430円の加算運賃を加えたものとなる．
またJR東日本では，今回の相鉄の申請にともなう関連区間（鶴見—羽沢横浜国大間／8.8km）に適用する運賃について発表した．
関連区間では，隣接する東海道本線などと同じ，東京の電車特定区間の運賃を適用する．東京近郊区間に追加し，「Suica」などの交通系ICカード乗車券も利用可能．なお，相鉄・JR直通線の列車は鶴見には停車しないが，運賃計算上は鶴見を分岐駅とする．
これにより，相鉄・JR直通線を経由した場合の普通運賃は，海老名—武蔵小杉間で610円（IC運賃：620円），海老名—渋谷・新宿・東京間で860円（IC運賃：858円）となる．
また，羽沢横浜国大を特定都区市内制度（横浜市内）を適用する駅に追加し，片道の営業キロが200kmを超える場合は，中心駅である横浜を起点駅とした営業キロによる運賃計算とする．
なお，認可申請から開業までの間に，消費税率の引き上げが行なわれる場合は，増税相当額を転嫁する変更認可申請を行なう予定．