JR西日本と滋賀県近江八幡市では，2014（平成26）年4月からバリアフリー整備を含めたJR琵琶湖線安土駅お駅舎橋上化および南北自由通路整備事業を進めてきた．このたび工事が完了し，2017（平成29）11月19日（日）の始発列車から共用を開始すると発表した．
南北自由通路は，エレベータ（南側1基，北側1基）とエスカレータが同日から供用開始される．また，改札内にあったトイレを撤去して，改札外に新設するほか，北側自由通路下の1階部分に観光案内所を新設する．
橋上駅舎は，現在，北口にある改札口と駅事務室を2階へ移し，改札内とホームを結ぶエレベータの供用を開始する．また，「みどりの窓口」は営業を終了し，「みどりの券売機プラス」が設置される．「みどりの券売機プラス」は，通常の「みどりの券売機」ではご購入できないジパング割引や，学生割引のきっぷのご購入のほか，きっぷの乗車変更や払い戻しなども可能となる．
なお，供用開始後は，現駅舎および仮こ線橋は撤去される．