JR九州は，クルーズトレイン「ななつ星in九州」の3泊4日コースの運行ルートについて，2013（平成25）年10月の運行開始後，初めての大幅なルート変更を実施すると発表した．
　現在は2017（平成29）年7月に発生した九州北部豪雨の影響により，不通となっている豊肥本線や久大本線を通過しない臨時の運行ルートとなっているが，今回受付を開始する2018（平成30）年の春・夏出発分ではさらなるルート変更を行なう．
　3泊4日コースでは，再び豊肥本線の阿蘇をルートに組込む．また，2日目には，由布院の宿（玉の湯･亀の井別荘･山荘無量塔のいずれか）に宿泊，4日目は，午前中に肥薩線を走行し，九州の鉄道遺産（スイッチバックやループ線）や，日本三大車窓の一つである「肥薩線からの風景」を楽しむことができるようにする．このほか，新たに鹿児島本線の門司港，日豊本線の宇佐，肥薩線の人吉などで立寄り観光を予定している．
　1泊2日コースでは，1日目に日本磁器のふるさと佐賀，有田と異国情緒あふれる長崎へ向かう．2日目は，熊本県の「山鹿エリアの観光」もしくは，「列車滞在プラン」を選択できる．山鹿エリアの観光を選んだ参加者には，山鹿市内での昼食が提供され，「列車滞在プラン」を選んだ参加者は，車内での昼食となる．
　また，1泊2日コースの「ななつ星」に乗車する前日に「前夜祭」を楽しめるプランが2コース，同じく乗車前の2日間または3日間で，九州を訪ねる「プレミアムな九州の旅」が3コース設定され，同時に受付が行なわれる．
　今回の2018（平成30）年3月〜9月出発分の予約受付は，2017（平成29）年10月1日（日）から31日（火）まで行なわれ，応募多数の場合は抽選となる．