道南いさりび鉄道では，2016（平成28）年7月13日（水）から，新塗装車が運転されています．
　新塗装となったのは，同社所有のキハ40形のうちの1両（キハ40 1814）で，検査に合わせて塗装がJR北海道色から変更され，春から初夏にかけて沿線に一斉に咲く花々をイメージした「山吹色」を基調とし，同社のロゴに使用しているブルーによる函館山のシルエットをアクセントとしたキャラクターラインが入るデザインとなっています．また，所属表記もJR北海道時代の「函ハコ」から，「南イサ」に変更されています．
　なお，同社にはJR北海道色のキハ40形が引き続き6両在籍していますが，これらの車両の塗装変更も，時期は未定であるものの検討されているようです．