通常は“スーパー北斗”号として，函館—札幌間で運用されているキハ261系を使用した，臨時“北斗”88号・95号が，2016（平成28）年7月3日（日）に運転されました．キハ261系5両編成（グリーン車組込み）で運転され，ヘッドマークは，「SUPERHOKUTO」ではなく，「HOKUTO」が用意されていました．また，上り88号については，砂原線経由となっており，キハ261系が砂原線へ初入線しました．今後も数回ですが，運転される予定となっています．